1990年代後半ころ、米国のＭＬＭ企業「ザ・ライトソリューション」（ＴＲＳ）が初めて日本に広めた仕組みで、比較的に歴史は新しく、後に国内で頻繁に採用され、近年急成長したプランです。消耗品のプランでは現在最も人気があります。
会員は組織図上では2人の直紹介者しか出すことができません。2の倍数で組織図が構成されていきます。（バイナリーマップまたはマトリックスマップと呼ばれる）3人目以降の直紹介者は、ダウングループの特定の位置にポジショニングされていきます。（ただし、実際の紹介者つながりの組織図もシステム内に管理されている。）

自分以下の組織で特定の位置（プランの内容によって多様）に、コンピュータによって自動的に配置されるシステムを「オートポジショニング」と呼びます。（マッピングと呼ばれる場合もある）
つまり「強い上位者（直紹介者を多数出せる）のダウンにつくと、自分の傘下が自動的に構築される」ということになり、それまでのNBにはなかった新たなモチベーションが追加されることとなりました。自分のダウンのメンバーに自分の紹介者を付けてやることができる（損をすることはない）唯一の仕組みがバイナリーの大きな特徴です。

また、直上者を指定する（誰のダウンにつけるかを指示する）場合もあります。3人目以降の紹介者を、ビジネスを進める上で最も有効な位置に意図的に配置していく方法です。上記以外の中間型（セミオート）の配置の方法もあり、主宰企業のコンセプトによってさまざまに工夫されています。これは、バイナリーの計算方式の最も大きな特色で、左右のグループのどの位置で売上が起こっても、上位者の収入が左右されないシステムだからです。自分のダウンの第三者に組織図上、自分の直紹介者を付けてやっても、自分にとっての総合計は変わらないので、システム上も団体戦で戦うことのできるプランがバイナリーシステムです。

バイナリーは本来2進法という意味ですが、2×マトリックス（ツーバイマトリックス）と呼ばれる場合もあります。マトリックスは、本来「母体・基盤・行列」などを意味します。「縦割りと横割の二元的な組織編成」という意味もあり、マーケティングプランで使われる場合は「組織図を一定の法則によって数列化する。」というような定義になります。

バイナリーにおける最もオーソドックスな支払いの仕組みは、一定の売り上げ基準を定めて、レフトとライトの少ない側がその基準に達した時に、一定のコミッションが払い出される仕組みです。
これは何度も繰り返されるので「サイクルボーナス」と呼ばれます。この場合、払い出しレベルの下限設定は無いので永久還元となります。ただし、レフトとライトのどちらか一方が伸びて、片方が止まってしまうと収入は発生しづらくなります。左右のバランスが大切なプランです。
最近の傾向としては、バイナリーに、複数のプランを複合させて、片伸びしても一定の収入が発生するように工夫したものが増えてきています。

バイナリーの還元率の計算は非常に複雑で、組織の出来方によって大きく左右されてしまいます。バイナリーは「ディストリビューターが還元率をイメージしづらいプログラム」の代表選手でもあります。

バイナリーのメリットは、払い出しのレベル制限のない永久還元であること、力のあるディストリビューターの実績がダウンに公平に供与されることなどが挙げられます。
前述したように、応援しようとする側（左右の売上の少ない側）の、組織図上のどこで売り上げが起こっても上位者の基本的な収入の部分でメリット、デメリットを生まないので合理的な組織づくりが可能です。（どこを応援してもその側で同じ成果が得られるから）

デメリットとしては、自動構築される「うまみ」が、勧誘の際に誇大広告として使われる危険性があるということが挙げられます。「入会するだけで収入になる」などの危険なトークが使われる場合があり、これは特定商取引法の禁止行為で、罰せられる場合があります。（断定的表現の適用）

上位者からのスピルオーバー（3人目以上の紹介者があふれてダウンに配置される場合の呼称）だけで、収入になるように印象づけて強引にあおって入会させる方法が多いのは、立ち上げ直後の組織構築の速度と、一定の会員数が構築されてしまっている場合の速度が大きく違いすぎることも原因となっています。（組織構築の速度というのは、この場合レベルが下がっていく速度のこと）。

これは、数の理論ではあたりまえのことで、例えば24人のダウンに2名ずつ構築されるには48人の入会で済みますが、6000人の場合1万2000人必要になります。立ち上げの際などある意味早い者勝ちの側面はありますが、あくまでも自分が努力して会員を獲得しなければ収入に結びつかないことをしっかりと認識することが大切です。ただし、バイナリー方式は最も組織を合理的に重ねることができるプランなので、成功しやすいプランであることは間違いありません。「自力」以外に「他力」が自分のボーナスを増やす場合があるのですからそれは当然と言えます。

一旦、バイナリープランで収入を獲得すると、従来のステアステップなどでよく起こった「追い越し」やダウンが同格者になることによる収入減、または組織図上の売上の位置（レベル）が遠くなることによる収入減が起こらないことから、消耗品による安定収入を目指すプランとしては非常に優れた面を持っているプランです。